Coronavírus: genomas dos casos brasileiros são diferentes; o que significa?

O genoma do coronavírus (COVID-19) isolado no segundo paciente brasileiro diagnosticado com a doença no sábado (29) é diferente do encontrado no primeiro caso, confirmado em 26 de fevereiro —trata-se de um paciente infectado na Itália, possivelmente entre os dias 9 e 21 de fevereiro.

"O primeiro isolado se mostrou geneticamente mais parecido com o vírus sequenciado na Alemanha. Já este segundo genoma assemelha-se mais ao sequenciado na Inglaterra. E ambos são diferentes das sequências chinesas", explica Ester Sabino, diretora do Instituto de Medicina Tropical (IMT) da Universidade de São Paulo (USP), à Agência FAPESP.

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Segunda ela, o fato de os dois genomas serem diferentes sugere que a epidemia de coronavírus está ficando madura na Europa, ou seja, já está ocorrendo transmissão interna nos países europeus. "Para uma análise mais precisa, porém, precisamos dos dados da Itália, que ainda não foram sequenciados", afirma.

"Ao sequenciar o genoma do vírus, ficamos mais perto de saber a origem da epidemia. Sabemos que o único caso confirmado no Brasil veio da Itália, contudo, os italianos ainda não sabem a origem do surto na região da Lombardia, pois ainda não fizeram o sequenciamento de suas amostras. Não têm ideia de quem é o paciente zero e não sabem se ele veio diretamente da China ou passou por outro país antes", disse.

Os isolados virais dos dois pacientes brasileiros diagnosticados com COVID-19 foram sequenciados por um grupo coordenado por Claudio Tavares Sacchi, responsável pelo Laboratório Estratégico do Instituto Adolfo Lutz, e Jaqueline Goes de Jesus, pós-doutoranda na Faculdade de Medicina da USP. O sequenciamento completo do segundo isolado viral foi concluído em apenas 24 horas, e ainda vai ser divulgado.

Após a publicação da primeira sequência brasileira do COVID-19 no site Virological.org, no dia 28 de fevereiro, pesquisadores italianos entraram em contato com a equipe da USP para solicitar o compartilhamento dos protocolos usados pelo CADDE, Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus, uma rede de pesquisadores dedicada a responder e analisar dados de epidemias em tempo real, coordenada por Sabino e Nuno Faria, da Universidade de Oxford, no Reino Unido.

"Esse é um vírus que sofre poucas mutações, em média uma por mês. Por esse motivo não adianta sequenciar trechos pequenos do genoma. Para entender como está ocorrendo a disseminação e como o vírus está evoluindo é preciso mapear o genoma completo."

Esse monitoramento, segundo Sabino, permite identificar as regiões do genoma viral que menos sofrem mutações —algo essencial para o desenvolvimento de vacinas e testes diagnósticos.

Equipamento portátil

Segundo a pesquisadora, assim que o primeiro surto de COVID-19 foi confirmado na China, em janeiro, o projeto se mobilizou para obter os recursos necessários para sequenciar o vírus assim que ele chegasse no Brasil.

O grupo faz uso de um equipamento portátil conhecido como MinION, usado pela primeira vez no país em 2016 para traçar retrospectivamente a disseminação e a evolução do vírus zika nas Américas.

"Começamos a trabalhar em parceria com a equipe do Instituto Adolfo Lutz e a treinar pesquisadores para usar uma tecnologia de sequenciamento conhecida como MinION, que é portátil e barata. Usamos essa metodologia para monitorar a evolução do vírus zika nas Américas, mas, nesse caso, só conseguimos traçar a origem do vírus e a rota de disseminação um ano após o término da epidemia. Desta vez, a equipe entrou em ação assim que o primeiro caso foi confirmado", contou.

A principal vantagem do monitoramento em tempo real de uma epidemia é a possibilidade de identificar de onde exatamente veio o vírus que chegou ao país. Tal informação pode orientar ações de contenção e ajudar a reduzir a disseminação da doença.

"É uma nova ferramenta para vigilância epidemiológica, que por enquanto só foi testada na África, durante a epidemia de ebola", disse Sabino.

"Essa agilidade só está sendo possível agora graças ao financiamento contínuo que nosso grupo no IMT-USP recebeu desde 2016. Os protocolos para sequenciamento foram desenvolvidos por uma aluna durante estágio de pesquisa em Birmingham [Reino Unido]. Conseguimos baixar o custo do teste molecular de US$ 500 [R$ 2,2 mil] para US$ 20 [R$ 89]. É um ganho tecnológico enorme para o país", disse Sabino.

De acordo com Sacchi, enquanto forem confirmados apenas casos esporádicos de COVID-19 em São Paulo, todos os genomas serão sequenciados. Caso os testes positivos comecem a se multiplicar em larga escala, o trabalho passará a ser orientado pelo Centro de Vigilância Epidemiológica (CVE) da Secretaria de Estado da Saúde, que também integra o Projeto CADDE.

"Nesse caso o sequenciamento passará a ser feito por amostragem e com base em métodos estatísticos, de modo a garantir que os casos amostrados sejam representativos do total", explicou o pesquisador do Adolfo Lutz.

Caso seja possível sequenciar um grande número de isolados virais, diversos tipos de análise poderão ser feitos no futuro, como a evolução do vírus e a identificação de cepas de pior evolução clínica, por exemplo.

Este texto foi originalmente publicado por Agência FAPESP de acordo com a licença Creative Commons CC-BY-NC-ND. Leia o original aqui.